Проблема исследования динамики взаимодействия учащихся в ходе образовательного процесса является важной и актуальной. В процессе взаимодействия студенты обмениваются информацией, влияют друг на друга, делятся опытом решения задач, развивают групповые компетенции, навыки коммуникации и совместного решения проблем. Наиболее удобным методом исследования динамики взаимодействия учащихся является математическое моделирование. В данной статье разработан новый метод моделирования динамики взаимодействия обучаемых в образовательном процессе на основе систем дифференциальных уравнений, учитывающий фактор времени. Для этого рассмотрены три типовые ситуации взаимодействия: усиливающийся, стационарный и затухающий процессы. Для пояснения разработанной модели рассмотрен числовой пример. Применение разработанного метода в учебном процессе позволяет формировать индивидуальные образовательные траектории, организовывать группы обучаемых для коллективной работы, прогнозировать уровень знаний и компетенций, помогает принимать обоснованные управленческие решения для улучшения образовательного процесса, позволяет оценить, как различные факторы влияют на динамику обучения.